Альфред Винер по образованию был арбистом, в  1909-11 гг. жил и работал на Ближнем Востоке. В годы Первой мировой войны воевал в рядах германской армии, награждён Железным крестом 2-го класса. После войны он стал общественным деятелем, с 1919 г. занимал высокий пост в Ассоциации германских граждан еврейской веры.

Ещё в 1925 г. Винер определил национал-социалистов как главную опасность для немецких евреев и для немецкого общества в целом. Именно тогда он начал собирать материалы, документирующие проявления антисемитизма и расизма в Германии и Европе. В 1928 г. во многом благодаря его усилиям было создано Бюро на Вильгельмштрассе, документировавшее нацистскую деятельность и издававшее антинацистские материалы. После прихода Гитлера к власти в 1933 г. Винер со своей семьёй бежал в Амстердам, где вместе с д-ром Давидом Коэном из Амстердамского университета создал Еврейский центральный информационный центр. В 1939 г. все материалы Центра были эвакуированы в Лондон.

Находясь в эмиграции, Винер был активным участником борьбы с нацизмом и инициатором создания ряда антифашистских организаций. Годы Второй мировой войны он в основном провёл в США, собирая материалы о нацистских преступлениях и работая на британское и американское правительства. Его первая жена Маргарита после оккупации Голландии нацистами попала в концлагерь Берген-Бельзен и умерла в 1945 г. вскоре после освобождения, по дороге в Швейцарию.

После войны Винер вернулся в Англию, был принят в британское подданство. Делом его жизни стало преобразование Еврейского информационного центра в библиотеку (Wiener Library) и научный центр по изучению Холокоста, а позже также по разоблачению неонацизма. В 50-х годах он часто посещал Германию, сотрудничал с тамошними общественными и религиозными организациями, выступал перед молодёжью. В 1955 г. был награждён высшим гражданским орденом Западной Германии - Большим крестом Ордена достоинства.

Имя Альфред - древнеанглийского происхождения, состоит из элементов ælf - "эльф" и ræd - "совет". Фамилия Винер - топонимическая, от названия австрийского города Вена (Wien по-немецки).