Родители Марии Айснер владели оптовым магазином текстиля, она росла с тремя старшими сёстрами в Старом городе Праги. Мария училась в Высшей женской гимназии, посещала занятия в Карловом университете, позже работала в банке и со временем стала заместителем управляющего. После смерти матери в 30 лет Мария вышла замуж за Леопольда Шмолку, известного пражского юриста, но через пять лет брака Леопольд умер.

Из поездки на Ближний Восток (Египет, Сирия, Палестина) Шмолка вернулась убежденной сионисткой, вступила в Чехословацкую женскую сионистскую организацию (WIZO) и стала активно участвовать в социальной работе с беженцами. После прихода к власти нацистов в Германии Чехословакия предоставила убежище многим тысячам политических беженцев и евреев. Шмолка организовывала визы, договаривалась с полицией о праве на жительство, обустройстве жилья, материальной помощи, договаривалась с работодателями о предоставлении беженцам работы.

Благодаря своему организационному таланту и приобретённому опыту Шмолка стала президентом Национального координационного комитета по делам беженцев в Чехословакии, а позже стала представителем Объединённого распределительного комитета - транснациональной еврейской организации помощи беженцам. Шмолка был единственным представителем Чехословакии в Комиссии Лиги Наций по делам беженцев, представляя страну на конференции в Эвиане в июле 1938 года.

После подписания Мюнхенского соглашения в сентябре 1938 года Шмолка вместе с Дорин Уорринер, представителем Британского комитета по делам беженцев из Чехословакии, разработали схему Kindertransport, осуществлённую Николасом Уинтоном. По мере того как оккупация Чехословакии приближалась, фокус детского транспорта сместился с детей политэмигрантов на детей чехословацких евреев.

15 марта 1939 года Германия оккупировала Чехословакию. Мария Шмолка и её сотрудники из Комитета по делам беженцев были в числе первых арестованных нацистами. Шмолку продержали два месяца в тюрьме Панкрац, гестапо подвергало её, больную диабетом, многочасовым допросам. Шмолка была освобождена благодаря протестам чешской общественности и после недолгого пребывания в Париже переехала в Великобританию.

Здесь Шмолка продолжила свою работу, её маленький офис в Блумсбери-Хаузе стал местом встречи чехословацкой диаспоры, сионистских и квакерских социальных работников. В последние шесть месяцев своей жизни Шмолка переехала со своей старой знакомой, известной суфражисткой и пацифисткой Мэри Шипшенкс, в  Госпел-Оук, где их соседи писали на дверях расистские лозунги, протестуя против их помощи беженцам. Шмолка умерла от инфаркта на работе в возрасте 46 лет, на её похоронах в Голдерс-Грин выступил министр иностранных дел Чехословакии Ян Масарик.
 

Имя Мария - от библейского имени Мирьям. Фамилия Шмолка означает "болтун" по-чешски.